Kontraindikasi pemeriksaan tulang belakang terutama adalah pada kasus fraktur tulang belakang karena pemeriksaan tulang belakang berisiko mengakibatkan kompresi saraf yang lebih berat.

Tes khusus untuk pemeriksaan tulang belakang membutuhkan koordinasi dan kooperasi dari pasien sehingga tidak dapat dilakukan pada pasien yang tidak kooperatif atau mengalami penurunan kesadaran yang dapat diukur dengan Glasgow Coma Scale. Selain itu, sebagian pemeriksaan khusus juga memiliki kontraindikasi relatif, misalnya tidak boleh ada lordosis lumbar yang berat, tidak ada deformitas fleksi lutut, serta tidak ada strain, spasme, atau kontraktur hamstring.[10,11]