Komplikasi aspirasi cairan sendi genu cukup jarang dilaporkan. Tindakan ini bisa menyebabkan trauma lokal pada struktur di sekitar lokasi injeksi, nyeri, infeksi atau arthritis septik, dan reakumulasi efusi.

Jika penempatan jarum kurang tepat atau cairan sinovial menebal, aspirasi cairan sendi genu bisa sulit atau gagal.

Hemarthrosis juga bisa menjadi komplikasi, misalnya karena jarum mengenai pembuluh darah. Hemarthrosis umumnya muncul dalam beberapa jam setelah tindakan. Gejala hemarthrosis mencakup nyeri, kaku, dan bengkak pada lutut. Kebanyakan kasus komplikasi hemarthrosis bisa sembuh sendiri dalam beberapa minggu.