Secara umum, kontraindikasi prosedur trabekulotomi adalah pasien dengan kontraindikasi terhadap agen anestesi dan operasi okular secara umum. Kontraindikasi yang lebih spesifik untuk trabekulotomi adalah:

• Kelainan sudut filtrasi (sudut antara kornea dan iris di kamera okuli anterior tempat keluar aqueous humor) derajat berat
• Pasien anak dengan keadaan umum yang tidak stabil dan memiliki risiko anestesi yang tinggi

• Glaukoma sekunder dari reaksi inflamasi seperti uveitic glaucoma dan neovascular glaucoma

• Glaukoma dengan afakia dan instabilitas lensa intraokular
• Glaukoma yang disertai dengan kolapsnya vitreus ke kamera okuli anterior
• Pasien dalam terapi antikoagulan atau mereka dengan gangguan koagulasi
• Glaukoma sudut tertutup[3,6,8]