Komplikasi dari prosedur Fine Needle Aspiration Biopsy (FNAB) umumnya minimal. Komplikasi berat jarang terjadi. Berikut merupakan komplikasi yang pernah dilaporkan terkait prosedur FNAB :

• Perdarahan, termasuk hematoma dan ekimosis
• Nyeri
• Infeksi
• Edema
• Reaksi vasovagal (sinkop)

• Pneumothorax pada FNAB regio payudara, supraklavikula, dan aksila, terutama pada orang yang kurus. Komplikasi ini jarang terjadi (0,01-0,18%).

• Paralisis saraf laryngeus rekurens pada FNAB nodul tiroid [9,14]