Komplikasi Fine Needle Aspiration Biopsy (FNAB) umumnya minimal. Komplikasi berat jarang terjadi. Berikut merupakan komplikasi yang pernah dilaporkan terkait prosedur FNAB adalah perdarahan, termasuk hematoma dan ekimosis.

Nyeri, infeksi, edema, reaksi vasovagal (sinkop) dapat terjadi. Pneumothorax pada FNAB regio payudara, supraklavikula, dan aksila, terutama pada orang yang kurus juga dapat terjadi. Namun, komplikasi ini jarang terjadi (0,01-0,18%). Komplikasi lain yang dapat terjadi paralisis saraf laryngeus rekurens pada FNAB nodul tiroid.[9,14]