Patofisiologi kandidiasis oral adalah infeksi Candida sp, paling sering adalah Candida albicans.

C. albicans adalah jamur dimorfik yang merupakan flora normal kavitas oral. Flora normal ini dapat menjadi patogen ketika terdapat faktor predisposisi, misalnya kebersihan oral yang buruk, merokok, xerostomia, dan gangguan imunologi. [3]

Candida sp mengeluarkan protein berupa Secreted Aspartyl Proteinases (SAPs) yang memicu invasi ke mukosa dan peradangan. Sekresi ekstraseluler SAP memerlukan gen protein prevakuola atau vacuolar protein sorting 4-A (VPS4A) yang merupakan kunci dari kandidiasis. [5,6]