Patofisiologi sindroma nefritik tergantung dari etiologi penyebabnya, namun pada dasarnya terjadi karena reaksi inflamasi yang merusak struktur membran basalis glomerulus. Salah satu proses inflamasi yang paling sering terjadi adalah glomerulonefritis akut pasca Streptococcus (GNAPS).

Proses inflamasi ini merupakan komplikasi yang terjadi akibat infeksi Streptococcus beta hemolyticus grup A yang diinduksi oleh penumpukan kompleks imun pada jaringan ginjal yang berasal dari sirkulasi.[6]

Penumpukan kompleks imun yang terjadi pada subendotel akan menyebabkan inflamasi lokal pasca aktivasi sistem komplemen, kerusakan dan proliferasi podosit serta proteinuria. Penumpukan kompleks imun yang dimaksud merupakan akumulasi dari immunoglobulin G, M atau/ dan A bersama komplemen C3 yang menumpuk pada lapisan subendotel dinding kapiler. Penumpukan kompleks imun juga terjadi pada membran basal yang kemudian akan menyebabkan lesi glomerulus yang selanjutnya bermanifestasi menjadi hematuria dan proteinuria.[6]