Patofisiologi tongue-tie atau ankyloglossia belum diketahui secara pasti, namun diduga berkaitan dengan proses perkembangan embriologi janin intrauterin. Perkembangan lidah dimulai dari usia 4 minggu intrauterin dan berasal dari arkus faringeal satu, dua, tiga, dan empat. Arkus faringeal satu membentuk dua per tiga lidah anterior, sedangkan arkus dua, tiga, dan empat membentuk sepertiga posterior lidah.[2,5]

Patofisiologi yang diduga berperan dalam terjadinya tongue-tie yaitu terdapat kesalahan pada saat proses pembelahan otot genioglossus dan hyoglossus, sehingga jaringan frenulum tertinggal di luar lidah. Hal lain yang diduga berkaitan dengan terjadinya tongue-tie adalah tidak sempurnanya apoptosis prominens lingual, fusi berlebih prominens lingual, dan kurang berkembangnya panjang lidah anterior.[2,6]