Pengawasan klinis pada penggunaan podophyllin memerlukan monitor apakah terjadi gatal di sekitar kutil, apakah kulit sekitar kutil ikut terbakar dan terjadi iritasi. Resin podophyllin 25% dalam larutan senyawa benzoin. Sejumlah kecil larutan harus diaplikasikan pada setiap kutil dan dibiarkan kering. Perawatan dapat diulang setiap minggu jika perlu. Untuk menghindari kemungkinan komplikasi yang terkait dengan penyerapan sistemik dan toksisitas, aplikasi harus dibatasi hingga kurang dari 0,5 ml podophyllin atau area kurang dari 10 cm² kutil per sesi, cuci 1-4 jam setelah aplikasi untuk mengurangi iritasi lokal.[21]

Intoksikasi dengan podophyllin telah mengakibatkan efek samping neurologis perifer seperti neuropati otonom, neuropati perifer sensorimotor, dan neuropati sensoris ataksik. Sehingga perlu diawasi cara dan dosis pengaplikasianya.[21]

Mengingat efek samping pemakaian podophyllin seperti nekrosis berat atau jaringan parut pada area anogenital, paraphimosis, hiperplasia pseudoepitheliomatous, urtikaria, demam, paresthesia, polineuritis, ileus paralitik, leukopenia pyrexia, trombositopenia, koma perlu dipantau kondisi umum setelah pemakaian podophyllin dan dapat juga dilakukan pemeriksaan darah rutin.[21]