Kategori doxycycline untuk penggunaan pada kehamilan adalah kategori D. Artinya, ada bukti positif mengenai risiko terhadap janin manusia, tetapi besarnya manfaat yang diperoleh mungkin lebih besar dari risikonya, misalnya untuk mengatasi situasi yang mengancam jiwa.

Oksitetrasiklin yang satu golongan dengan doxycycline telah terbukti memiliki efek teratogenik pada mausia, antara lain menyebabkan defek bumbung neural, bibir sumbing dan komplikasi kongenital besar lainnya. Belum pernah ada penelitian yang membuktikan efek teratogenik doxycycline pada manusia. Beberapa bukti yang sudah terkumpul saat ini menunjukkan bahwa penggunaan doxycycline pada trimester pertama kehamilan tidak berhubungan dengan risiko pertumbuhan fetus. Sampel yang terkumpul tidak cukup menyatakan bahwa doxycycline bebas dari efek samping terhadap kehamilan.

Golongan tetrasiklin diekskresikan melalui ASI. Absorpsi doxycycline pada bayi menyusui masih belum diketahui jumlahnya. Penggunaan doxycycline pada wanita menyusui dalam jangka waktu yang pendek tidak sepenuhnya dikontraindikasikan, namun penggunaan jangka waktu panjang belum banyak diteliti.[4,8,7,19]