Kontraindikasi magnetic resonance imaging atau MRI otak adalah pasien yang di dalam tubuhnya terdapat benda asing karena cedera, ada katup jantung mekanik buatan, dan ada benda logam ataupun ferromagnetic seperti plate, skrup, klip, dan prostetik. Selain itu, MRI otak juga dikontraindikasikan pada pasien yang memiliki alat elektronik seperti pacemaker, implan koklea, dan pompa insulin.

Pasien yang menggunakan implan dental dari logam atau bahan ferromagnetic seperti implan titanium, crown emas, atau kawat gigi (brace) juga sebaiknya tidak menjalani MRI otak karena objek tersebut akan memberikan gambaran artefak pada hasil MRI dan dapat mendistorsi gambaran intrakranial. Saat hendak MRI, pasien diminta untuk melepaskan kacamata, perhiasan, jepit rambut, ataupun jam tangan. Selain itu, pasien juga tidak membawa kunci, pager, handphone, atau pena.

Pasien yang harus terhubung dengan peralatan medis seperti tabung oksigen, kursi dorong, dan infus juga tidak dapat menjalani MRI. Selain itu, MRI juga sebaiknya tidak dilakukan pada pasien yang masih memiliki tanda kegawatdaruratan atau pasien yang tidak dapat tenang (misalnya anak-anak yang tidak dapat berkooperasi). Pasien yang mengalami nyeri berat, ansietas berat, atau klaustrofobia mungkin memerlukan sedasi.