Kontraindikasi rontgen sinus pada umumnya tidak ada yang absolut. Rontgen sinus merupakan pemeriksaan invasif yang lebih memberikan manfaat untuk menegakkan diagnosis dibandingkan kerugiannya.[6,7]

Pada wanita hamil, pemeriksaan rontgen sinus harus mempertimbangkan keuntungan lebih besar daripada risiko. Paparan radiasi dapat menyebabkan fetal defect, seperti mikrosefali, gangguan kognitif, gangguan pertumbuhan janin, hingga abortus. Beberapa faktor yang mempengaruhi radiasi terhadap fetus pada masa kehamilan adalah usia gestasi, durasi terpapar radiasi, dosis radiasi, jarak fetus dari kulit ibu, dan ketebalan kulit ibu. Dosis radiasi yang aman pada wanita hamil adalah di bawah 1 mGy, dimana pada dosis ini yang sangat rendah menunjukkan fetus hampir tidak terpapar radiasi.  Menurut American College of Obstetricians and Gynecologists dosis radiasi kurang dari 50 mGy tidak ditemukan risiko abnormal pada fetus.[6,7]