Tidak ada kontraindikasi absolut untuk pemeriksaan refleks patologi. Kontraindikasi relatif untuk pemeriksaan ini adalah adanya lesi atau infeksi di area pemeriksaan serta kondisi medis tertentu dengan nyeri berat, seperti fraktur.  Keadaan ini dapat memengaruhi hasil pemeriksaan dan melukai pasien.[1,3,4]

Dalam kondisi seperti di atas, metode pemeriksaan refleks patologis lainnya, seperti refleks Hoffman dan Tromner, dapat dilakukan untuk menilai respons refleks patologis pada pasien.[10] Sebagai contoh, pemeriksaan refleks Babinski tidak dapat dilakukan apabila terdapat ulkus diabetik pada telapak kaki pasien.