Tidak ada kontraindikasi khusus untuk pemeriksaan feses. Namun, beberapa keadaan yang dapat mempengaruhi hasil pemeriksaan perlu diperhatikan, misalnya pada wanita yang sedang menstruasi dan pasien yang baru saja menelan cairan barium.

Cairan barium merupakan zat kontras yang digunakan dalam pemeriksaan barium enema untuk menegakkan diagnosis gangguan pencernaan, seperti konstipasi.

Pada pasien wanita yang sedang menstruasi, darah menstruasi dapat tercampur ke dalam sampel feses dan menyebabkan bias pada interpretasi hasil pemeriksaan.