Etiologi kista dan abses Bartholin adalah infeksi yang menyebabkan sumbatan saluran keluar kelenjar Bartholin sehingga terjadi pembengkakan akibat akumulasi cairan, bahkan bernanah, pada kelenjar Bartholin. Infeksi kelenjar Bartholin paling umum disebabkan oleh bakteri anaerob Bacteroides dan Peptostreptococcus spp, juga bakteri aerobik seperti Escherichia coli, Staphylococcus aureus dan Enterococcus faecalis. Bakteri penyebab penyakit menular seksual seperti Chlamydia trachomatis dan Neisseria gonorrhoeae juga merupakan bakteri yang sering ditemukan. Umumnya abses Bartholin melibatkan lebih dari satu jenis organisme, atau disebut abses polimikrobial. [1,3,4]

Kista Bartholin tidak selalu harus terjadi sebelum abses.  Suatu laporan kasus menjelaskan bahwa abses dapat langsung terjadi apabila proses infeksi berjalan progresif. Kista dan abses kelenjar Bartholin kini tidak lagi dianggap sebagai bagian dari penyakit menular seksual. Pembedahan area vulvovaginal juga dapat menjadi penyebab kista atau abses Bartholin walau angka kejadiannya jarang.[2,14]

Faktor Risiko