Patofisiologi folikulitis malassezia (fungal acne) timbul akibat respons inflamasi terhadap invasi jamur pada folikel rambut disertai hidrolisis trigliserida oleh aktivitas enzim lipase dan fosfolipase jamur.

Hidrolisis trigliserida dapat menyebabkan kerusakan pada sawar epitel kulit dan sensitisasi terhadap alergen yang dihasilkan Malassezia. Respons inflamasi juga timbul karena Malassezia dapat menstimulasi keratinosit menghasilkan sitokin inflamasi melalui toll-like receptor-2 (TLR-2). Sitokin inflamasi yang dihasilkan; IL-1α, IL-6, IL-8, IL-12, dan TNF-α.[1-3]

Beberapa kondisi yang dapat mengganggu keseimbangan unit pilosebasea dan berkontribusi dalam patogenesis fungal acne: