Menilai Akurasi Diagnosis Infeksi SARS CoV-2 dengan Metode Point-of-Care dan Lab-Free (COVIDNudge)—Telaah Jurnal Alomedika

Oleh :
dr. Hendra Gunawan, Sp.PD

Assessing a Novel, Lab-free, Point-of-care Test for SARS CoV-2 (CovidNudge): a Diagnostic Accuracy Study

Gibani MM, Toumazou C, Sohbati, M et al. Assessing a Novel, Lab-free, Point-of-care Test for SARS CoV-2 (CovidNudge): a Diagnostic Accuracy Study. The Lancet: Microbe. 2020;1(7):E300-E307. doi: https://doi.org/10.1016/S2666-5247(20)30121-X

Abstrak

Latar Belakang: Diagnosis yang cepat merupakan kunci pengendalian dan tata laksana infeksi Severe Acute Respiratory Distress Syndrome Coronavirus-2 (SARS-CoV-2). Pemeriksaan reverse-transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR) hingga saat ini merupakan baku emas, tetapi membutuhkan laboratorium yang tersentralisasi dan infrastruktur pendukung yang memadai.

Kemenkes ft Alodokter Alomedika 650x250

Peneliti ingin menjelaskan akurasi uji diagnostik infeksi SARS-CoV-2 yang baru, yaitu rapid point-of-care real time RT-PCR CovidNudge, yang tidak membutuhkan pemeriksaan di laboratorium dan pengolahan sampel secara khusus.

Metode: Pada April hingga Mei 2020, peneliti mendapatkan 2 sampel usap nasofaring dari pasien yang diperiksa di 3 rumah sakit di London dan Oxford (Inggris Raya). Sampel pemeriksaan didapatkan dari 3 grup, yaitu tenaga medis dengan suspek COVID-19 yang memeriksakan diri secara mandiri, pasien suspek COVID-19 yang mengunjungi unit gawat darurat, dan pasien rawat inap.

Untuk melakukan pemeriksaan CovidNudge, spesimen usap nasofaring dimasukkan ke dalam suatu cartridge yang berisi reagen dan bahan pemeriksaan yang diperlukan untuk pemeriksaan RT-PCR, termasuk gene target untuk virus SARS-CoV-2 (rdrp1, rdrp2, gen-e, gen-n, n1, n2, dan n3) dan reagen kontrol, yaitu human ribonuclease P (RNaseP).

Sampel usap tersebut diperiksakan secara paralel dengan CovidNudge dan pemeriksaan standar dengan RT-PCR menggunakan transpor medium untuk kemudian diproses di laboratorium rujukan. Analisis utama dari studi ini adalah untuk membandingkan sensitivitas dan spesifisitas point-of-care CovidNudge dengan pemeriksaan laboratorium baku emas.

Hasil: Peneliti mendapatkan 386 pasang sampel pemeriksaan yang terdiri dari 280 (73%) tenaga medis, 15 (4%) pasien yang berkunjung ke unit gawat darurat, dan 91 (23%) pasien rawat inap non-COVID-19. Dari 386 sampel, didapatkan 67 sampel positif dengan pemeriksaan CovidNudge point-of-care dan 71 sampel positif dengan pemeriksaan laboratorium RT-PCR.

Secara garis besar, jika dibandingkan dengan tes berbasis laboratorium, sensitivitas tes CovidNudge adalah 94% (IK95% 86–98) dengan spesifisitas 100% (IK95% 99–100). Sensitivitas tes berdasarkan grup sampel adalah sebagai berikut: 94% (IK95% 85–98) pada grup tenaga medis, 100% (48–100) pada pasien di unit gawat darurat, dan 100% (29–100) pada pasien rawat inap.

Spesifisitas tes berdasarkan grup memiliki hasil yang konsisten pula dengan hasil sebagai berikut: 100% (IK95%: 98-100) pada grup tenaga medis; 100% (IK95% 69-100) pada pasien di unit gawat darurat; dan 100% (95%IK 96-100) pada pasien rawat inap. Tes CovidNudge memiliki hasil yang mirip saat prevalensi hasil positif tes laboratorium menunjukkan angka yang tinggi (25% (95%IK 20-31) pada bulan april 2020, maupun saat prevalensi hasil positif tes menunjukkan angka yang rendah (3% (95%IK 1-9) saat skrining pasien rawat inap.

Amplifikasi nukleokapsid virus (n1, n2, dan n3) dan gen protein envelope (e-gene) adalah bagian yang paling sensitif untuk mendeteksi spiked SARS-CoV-2 RNA.

Interpretasi: CovidNudge adalah pemeriksaan yang sensitif, spesifik, dan salah satu tes rapid point-of-care untuk mendiagnosis SARS-CoV-2 tanpa memerlukan pengolahan di laboratorium atau pengolahan sampel. Alat ini sudah diimplementasikan di berbagai rumah sakit di Inggris Raya sejak Mei 2020 dan dapat membantu klinisi dalam membuat keputusan medis dan pemeriksaan penapisan.

Pembiayaan: National Institute of Health Research (NIHR) Imperial Biomedical Research Centre, NIHR Health Protection Research Unit in Healthcare Associated Infections and Antimicrobial Resistance at Oxford University in partnership with Public Health England, NIHR Biomedical Research Centre Oxford, dan DnaNudge.

shutterstock_1836306445-min

Ulasan Alomedika

Studi ini meneliti tentang akurasi uji diagnostik dari tes point-of-care menggunakan CovidNudge, yaitu suatu uji diagnostik infeksi SARS-CoV-2 tanpa memerlukan pengolahan sampel, seperti pada pemeriksaan RT-PCR. Strategi diagnosis dengan tes point-of-care diharapkan dapat meningkatkan kualitas pelayanan dan mengendalikan pandemi Coronavirus disease 2019 (COVID-19) melalui pemeriksaan yang cepat, keputusan klinis, triase, tata laksana, dan surveilans epidemiologi. Selain itu, tes point-of-care dapat mengurangi beban laboratorium rujukan karena dapat dilakukan pada tingkat komunitas.

Ulasan Metode Penelitian

Studi ini bersifat prospektif terhadap uji diagnostik yang menggunakan tes CovidNudge dengan komponen DnaCartridge dan unit prosesor (NudgeBox). Kriteria inklusi studi ini adalah pasien atau tenaga medis yang diduga terinfeksi SARS-CoV-2 dan mengalami gejala klinis, seperti demam 37,8°C atau demam yang dirasakan secara subjektif, kelelahan, rasa tidak enak badan, batuk atau produksi sputum, nyeri otot, nyeri kepala, nyeri tenggorokan, serta anosmia atau ageusia.

Sampel studi ini diperiksa secara paralel dengan pemeriksaan RT-PCR dan CovidNudge. Analisis dilakukan dengan piranti lunak dengan epiR dan pheatmap. Sensitivitas dan spesifisitas dinilai secara berpasangan menggunakan kedua metode tersebut. Analisis sekunder terhadap sampel dilakukan berdasarkan grup pemeriksaan.

Ulasan Hasil Penelitian

Luaran primer studi ini adalah ada tidaknya infeksi SARS-CoV-2, yang diperiksa menggunakan 2 metode pemeriksaan, yaitu CovidNudge dan RT-PCR. Dalam studi ini, terdapat 461 sampel yang dikumpulkan, tetapi hanya 386 sampel yang valid untuk pemeriksaan. Sebanyak 16,3% pemeriksaan dianggap tidak valid karena CovidNudge tidak dapat dilakukan akibat kurangnya sampel, sehingga hasil sering terbaca sebagai negatif. Kecukupan jumlah sampel merupakan hal yang perlu menjadi perhatian dalam metode CovidNudge.

Selain itu, pada studi ini, peneliti mencoba membandingkan prevalensi hasil tes yang positif antarsubgrup yang jumlahnya belum imbang (280 orang pada grup tenaga medis; 15 pasien di unit gawat darurat; 91 pasien pada skrining rawat inap). Hasil prevalensi tertinggi didapatkan pada grup kunjungan unit gawat darurat (5/15) yang dapat saja dipengaruhi jumlah subjek yang kecil pada grup tersebut.

Kelebihan Penelitian

Kelebihan penelitian terletak pada luaran primernya, yaitu hasil tes point-of-care diagnostik dengan CovidNudge yang memiliki sensitivitas 94% dan spesifisitas 100% dibandingkan dengan RT-PCR. Hasil tersebut dapat mendeteksi 94% dari populasi orang sakit dan ini merupakan hasil yang cukup baik.

Selain itu, pemeriksaan ini hanya membutuhkan durasi ≤90 menit untuk mendapatkan hasil, sehingga lebih cepat daripada RT-PCR yang memakan waktu 4–6 jam. Selain itu, pada studi ini, didapatkan temuan gen N (n3) positif pada semua kasus yang terkonfirmasi positif terhadap infeksi SARS-CoV-2. Sehingga, hal ini dapat menjadi temuan yang penting dalam perkembangan point-of-care diagnostik pada generasi berikutnya.

Alat CovidNudge yang digunakan merupakan suatu cartridge tertutup, sehingga dapat mengurangi risiko kebocoran sampel. Metode ini dapat digunakan pada fasilitas kesehatan primer dan tingkat komunitas.

Kekurangan Penelitian

Untuk luaran sekunder, pada analisis tiap grup, dibutuhkan lebih banyak subjek pada grup pasien mengingat sebagian besar subjek penelitian merupakan tenaga medis yang bertugas dengan alat perlindungan diri yang memadai.

Selain itu, akurasi diagnosis dibandingkan dengan pemeriksaan baku emas pada satu laboratorium rujukan untuk pemeriksaan RT-PCR, sehingga disarankan untuk melakukan uji akurasi dengan RT-PCR ketika pemeriksaan ini akan diimplementasikan. Selain itu, sampel yang tidaak cukup dapat terbaca sebagai hasil yang negatif pada CovidNudge, sehingga hasil pemeriksaan dapat invalid. Hal ini perlu dipertimbangkan klinisi sebelum melakukan keputusan klinis.

Aplikasi Penelitian di Indonesia

CovidNudge memiliki potensi yang menjanjikan karena memiliki sensitivitas dan spesifisitas yang mendekati RT-PCR sebagai baku emas. Penggunaannya dapat mendukung keputusan klinis terkait manajemen COVID-19 di Indonesia, di mana sarana dan prasarana laboratorium yang dilengkapi dengan pemeriksaan RT-PCR masih belum merata dan kebanyakan tersedia di fasilitas kesehatan tersier.

Selain itu, aplikasi CovidNudge juga dapat mengurangi beban pada laboratorium rujukan karena dapat dilakukan di fasilitas kesehatan primer. Akan tetapi, perlu dicermati bahwa dibutuhkan ketepatan teknik pengambilan untuk menghindari kemungkinan negatif palsu.

Penelitian sejenis perlu dilakukan di Indonesia dengan memperhatikan keseimbangan jumlah subjek pada subgrup pasien dan tenaga kesehatan.

Referensi