Komplikasi yang timbul pada pemeriksaan swab vagina biasanya berupa rasa tidak nyaman saat menggunakan spekulum vagina. Pada umumnya, pemeriksaan swab vagina tidak memiliki komplikasi.[5]

Pemeriksaan swab vagina diperiksa pada wanita dengan keluhan umum iritasi maupun gatal area vulva, sekret pada vagina, nyeri genital dengan sekret pervaginam, dan keluhan lainnya yang berhubungan dengan infeksi menular seksual seperti bakterial vaginosis dan kandidiasis vulvovaginal.

Karena pemeriksaan ini dilakukan pada area sensitif, seringkali pasien merasa kurang nyaman, terutama bila pemeriksa adalah laki–laki. Maka dari itu, pemeriksaan ini perlu dilakukan bersama pendamping pasien, terutama apabila pemeriksa adalah laki–laki.[4]