Patofisiologi malpresentasi berhubungan dengan faktor maternal maupun faktor janin yang mengganggu proses pergerakan janin di dalam uterus. Posisi janin sebelum minggu ke-22 kehamilan umumnya masih terus berubah. Namun, seiring bertambahnya usia gestasi, kebanyakan janin akan memasuki presentasi kepala. Bila terdapat faktor yang mengganggu pergerakan janin, dapat terjadi malpresentasi.

Sebelum minggu ke-22 kehamilan, posisi janin umumnya masih terus berubah. Namun setelah itu, akan semakin banyak janin yang bergerak ke posisi normal yaitu posisi longitudinal (searah dengan tulang punggung ibu) dengan presentasi kepala. Setelah mencapai minggu ke-36 kehamilan, umumnya posisi janin mulai menetap dan tidak mengalami perubahan signifikan. Presentasi kepala (vertex) ini hanya dapat tercapai bila tidak ada kondisi yang mengganggu proses pergerakan janin di dalam kandungan seperti kelainan anatomi janin maupun kelainan uterus.[7]

Presentasi vertex memungkinkan kepala janin untuk mengalami fleksi saat proses persalinan dan mencapai diameter terkecil untuk melewati jalan lahir. Malpresentasi janin dapat menyebabkan persalinan menjadi lebih lama atau macet karena diameter anggota tubuh yang harus melewati pintu panggul menjadi lebih besar.