Patofisiologi impaksi gigi meliputi gigi tetangga yang terlalu dekat, densitas tulang yang terlalu tinggi, hingga kurangnya ruang untuk tumbuh. Faktor impaksi gigi lain yaitu karies, kista, hiperplasia jaringan, infeksi lokal, dan gigi supernumerari.

Gigi tetangga yang terlalu dekat dapat menyebabkan impaksi gigi dengan menghalangi gigi yang sedang erupsi untuk mencapai posisi fungsional normalnya. Hal ini dapat terjadi karena kekurangan ruang pada rahang atau posisi yang tidak teratur dari gigi-geligi dalam lengkung rahang.

Densitas tulang yang terlalu tinggi (padat) juga dapat menyebabkan impaksi gigi. Hal ini terjadi karena tulang yang terlalu padat dapat menghalangi gigi untuk erupsi.[5–7]