Patofisiologi kista ganglion masih tidak diketahui secara jelas. Saat ini, beberapa peneliti menyetujui teori yang menyebutkan bahwa kista ganglion disebabkan oleh respon sel mesenkim dari penghubung synovial-capsular terhadap cedera minor berulang.

Peregangan yang dilakukan berulang pada ligamen dan kapsul akan memicu produksi jaringan lubricant hyaluronic acid oleh fibroblast. Namun, teori ini juga masih tidak dapat dibuktikan karena tidak adanya gambaran pericystic inflammatory pada hasil pemeriksaan patologi kista ganglion.[1,3,4]

Berdasarkan analisa cairan kistiknya, kista ganglion terdiri dari hyaluronic acid, glukosamin, globulin, dan albumin. Cairan ini juga tampak lebih kental dari cairan hyaluronic acid intra artikular.