Patofisiologi kista ganglion masih tidak diketahui secara jelas. Saat ini, beberapa peneliti menyetujui teori yang menyebutkan bahwa kista ganglion disebabkan oleh respon sel mesenkim dari penghubung synovial-capsular terhadap cedera minor berulang. Peregangan yang dilakukan berulang pada ligamen dan kapsul akan memicu produksi jaringan lubricant hyaluronic acid oleh fibroblast. Namun, teori ini juga masih tidak dapat dibuktikan karena tidak adanya gambaran pericystic inflammatory pada hasil pemeriksaan patologi kista ganglion. [1,3,4]

Berdasarkan analisa cairan kistiknya, kista ganglion terdiri dari hyaluronic acid, glukosamin, globulin, dan albumin. Cairan ini juga tampak lebih kental dari cairan hyaluronic acid intra artikular. Teori dari asal cairan kistik tersebut juga masih belum diketahui secara jelas, namun dipercaya berasal dari 3 hal. Teori pertama menyebutkan bahwa cairan tersebut berasal dari dalam sendi yang dipompa ke dalam kista melalui pergerakan pergelangan tangan. Teori kedua menyebutkan cairan ini berasal dari proses degeneratif ekstra artikular. Sedangkan teori ketiga menyatakan cairan ini mungkin berasal dari sel mesenkim yang terdapat di dalam dinding sel. [1]