Pengawasan klinis pada penggunaan lysine umumnya tidak diperlukan. Obat ini dapat ditoleransi dengan baik oleh mayoritas pasien.

Penelitian pada hewan menunjukan bahwa suplementasi lysine meningkatkan risiko batu empedu dan peningkatan kadar kolesterol. Namun, belum ada data pada manusia.

Pada kasus yang jarang, lysine dapat menimbulkan efek samping berat berupa gagal ginjal dan nefritis interstisial.[5,8,9]